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Giardia spp. e Cryptosporidium spp. são protozoários patogênicos de transmissão fecal-oral de veiculação hídrica, que causam vários problemas de saúde, como doenças gastrointestinais associados com consumo de água contaminada. Devido à escassez de dados sobre a ocorrência destes protozoários em águas superficiais no Sul do Brasil, este estudo teve como objetivo analisar a presença de cistos e oocistos na água bruta das estações de tratamento de água no município de Blumenau, SC, Brasil. Para a pesquisa dos protozoários foi utilizada a metodologia de filtração em membranas de ésteres mistos de celulose, seguida por reação de imunofluorescência utilizando o kit Merifluor®. Para as análises microbiológicas, empregou-se a metodologia do "Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater"; para as análises físico-químicas foi utilizada sonda multiparâmetros. Cistos de Giardia spp. foram encontrados em 23,19% das amostras e oocistos de Cryptosporidium spp. em 7,24% do total de amostras analisadas (n=67). Todas as amostras analisadas apresentaram contaminação por Escherichia coli e 11,76% apresentaram valores de turbidez da água bruta acima do recomendado. Nas análises da turbidez da água tratada 23,52% apresentaram valores acima do preconizado pela Portaria 2914/2011. A detecção de protozoários patogênicos na água bruta das estações de tratamento de água aponta para a importância de adoção de medidas preventivas, como a proteção de áreas de mananciais e tratamento adequado do esgoto doméstico objetivando reduzir os riscos de transmissão de protozoários por meio da água de consumo humano na região de Blumenau, SC, Brasil. ; Giardia spp. and Cryptosporidium spp. are water-borne pathogenic protozoans spread through fecal-oral transmission which cause several health problems, to include gastrointestinal diseases associated with the consumption of contaminated water. There are limited data regarding the occurrence of these protozoans in surface waters in southern Brazil. The aim of this study was therefore to investigate the presence of cysts and oocysts in untreated water collected from water treatment plants in Blumenau, Santa Catarina State, Brazil. The methodology employed to study the protozoans was filtration through mixed cellulose ester membranes followed by the immunofluorescence reaction using the Merifluor® kit. Microbiological analysis was conducted using the Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater and multi-parameter probes were used for the physico-chemical analysis. Cysts of Giardia spp. were found in 23.19% of the samples and oocysts of Cryptosporidium spp. in 7.24% of the samples (n=67). All of the samples analyzed were contaminated with Escherichia coli and 11.76% of the untreated water samples had turbidity values higher than the recommended limit. In the case of the treated water samples, 23.52% had turbidity values above the limit established by legislation (Portaria MS 2914/2011). The detection of pathogenic protozoans in the untreated water at the treatment plants highlights the importance of adopting preventative measures, such as the protection of areas where water is present and adequate treatment of domestic sewage, in order to reducing the risk of protozoan transmission via potable water. ; Giardia spp. e Cryptosporidium spp. são protozoários patogênicos de transmissão fecal-oral de veiculação hídrica, que causam vários problemas de saúde, como doenças gastrointestinais associados com consumo de água contaminada. Devido à escassez de dados sobre a ocorrência destes protozoários em águas superficiais no Sul do Brasil, este estudo teve como objetivo analisar a presença de cistos e oocistos na água bruta das estações de tratamento de água no município de Blumenau, SC, Brasil. Para a pesquisa dos protozoários foi utilizada a metodologia de filtração em membranas de ésteres mistos de celulose, seguida por reação de imunofluorescência utilizando o kit Merifluor®. Para as análises microbiológicas, empregou-se a metodologia do "Standard Methods for the Examination of Water and Wastewater"; para as análises físico-químicas foi utilizada sonda multiparâmetros. Cistos de Giardia spp. foram encontrados em 23,19% das amostras e oocistos de Cryptosporidium spp. em 7,24% do total de amostras analisadas (n=67). Todas as amostras analisadas apresentaram contaminação por Escherichia coli e 11,76% apresentaram valores de turbidez da água bruta acima do recomendado. Nas análises da turbidez da água tratada 23,52% apresentaram valores acima do preconizado pela Portaria 2914/2011. A detecção de protozoários patogênicos na água bruta das estações de tratamento de água aponta para a importância de adoção de medidas preventivas, como a proteção de áreas de mananciais e tratamento adequado do esgoto doméstico objetivando reduzir os riscos de transmissão de protozoários por meio da água de consumo humano na região de Blumenau, SC, Brasil.