Biodiversité microbienne des sols : du territoire national aux agriculteurs

In: 2016; Symposium de l'Académie d'Agriculture de France & de la Commission Européenne. Lancement en France du 'Global Soil Biodiversity Atlas, Paris, FRA, 2016-11-28-, 14

Abstract

Biodiversité microbienne des sols : du territoire national aux agriculteurs My speech will focus on the development of a biogeographical approach to study the spatial distribution of soil microbial community in terms of abundance and diversity on the scale of France. We have reached this goal by the application of molecular tools based on soil DNA extraction and characterization on the 2200 soils of the French national monitoring network. This approach enabled us to draw the biogeographical patterns of molecular microbial biomass as well as bacterial community richness and evenness on the scale of France. By this way we have identified and rank the several ecological processes involved in community assembly as well as the different environmental drivers. In addition, we have also revisited the concept of taxa area relationship for microorganisms at this scale. The set of microbial data obtained from the RQMS survey enabled us to build up the first reference system of soil microbiology on a broad scale. My speech will end with the demonstration that these molecular microbial tools can be operational to diagnose soil quality in an agricultural network of 250 farms distributed across France. Presentation congrès : Les sols représentent l'épiderme vivant de la planète qui supporte la production d'aliments, de fibre et de bois, qui purifie l'eau et l'air, contribuant ainsi à la santé humaine. Les organismes du sol, allant des bactéries et protistes microscopiques aux vers de terre, coléoptères et taupes, remplissent des tâches essentielles, dans les écosystèmes naturels et anthropisés, qui rendent possible la vie sur Terre. Ces organismes représentent des acteurs-clé des transformations des nutriments et de leurs cycles ; ils impactent la décomposition et la dynamique de la matière organique dans les sols, le stockage du carbone dans le sols et l'émission de gaz à effet de serre ; les interactions symbiotiques des champignons mycorhiziens et des bactéries fixatrices d'azote avec les plantes promeuvent le niveau et l'efficacité de la nutrition des plantes ; les prédateurs et antagonistes des ravageurs et agents phytopathogènes assurent une protection biologique des plantes, certains organismes du sol sont de plus capables de stimuler les réactions de défense des plantes contre ces ravageurs et pathogènes, l'ensemble de ces interactions contribuant à la santé des plantes. Malheureusement, la remarquable biodiversité des sols est soumise à des pressions majeures du fait de la gestion parfois inappropriée des sols. En réponse aux challenges urgents associés à la gestion durable des sols et à la préservation de la vie dans ces sols, une action collective s'est mise en place. Elle mobilise des chercheurs dans des domaines variés et complémentaires. La publication du premier atlas mondial de la biodiversité des sols 'Global Soil Biodiversity Atlas' représente une première réalisation remarquable de cette action collective. Le 'Global Soil Biodiversity Atlas' paru en mai 2016 est le résultat d'un effort collaboratif entre le 'Joint Research Centre' de la Commission Européenne et l'initiative mondiale de biodiversité des sols 'Global Soil Biodiversity Initiative'. Il présente pour la première fois une vue globale de la biodiversité des sols qu'ils soient soumis ou non à l'action humaine. L'Atlas représente un effort scientifique international majeur comprenant la contribution de plus de 120 experts issus de 26 pays différents. Les progrès rapides dans le développement de nouvelles technologies d'analyse du vivant, en particulier dans le domaine de la biologie moléculaire, mais également les nouvelles technologies de l'information et de la communication ont facilité l'effort collectif qui a conduit à la réalisation du 'Global Soil Biodiversity Atlas'. Cependant, cet Atlas serait resté incomplet sans l'apport de collaborations globales qui ont permis l'émergence de nouvelles synthèses et analyses de l'importance des organismes du sol à la surface du globe. Les huit chapitres de l'Atlas couvrent tous les aspects de la biodiversité des sols, allant de la taxonomie, la distribution géographique, les services écosystémiques, les menaces, les interventions et politique de gestion des sols en relation avec la biodiversité. L'ouvrage a été conçu pour s'adresser à un large public, aux politiciens mais également aux chercheurs et techniciens. Plus de 800 images, plus de 50 cartes et des centaines d'encadrés conduisent le lecteur au travers un voyage fantastique au coeur de la vie des sols. Cet Atlas a pour ambition de contribuer à rendre chacun et chacune conscient de l'importance et de la beauté de organismes vivants dans le sol et d'attirer l'attention et le respect qu'ils méritent. Ce symposium a pour objectif le lancement en France du 'Global Soil Biodiversity Atlas'. Cela représente une occasion unique de présenter des initiatives européenne et mondiale relatives à la biodiversité des sols et d'illustrer les avancées de connaissances, de stratégies d'études et de gestion durable des sols en relation avec leur biodiversité dans des environnements variés par des experts européens et mondiaux, dont certains ont contribué à l'Atlas. Titre en anglais : Launch in France of the Global Soil Biodiversity Atlas