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A partir de la revisión de documentos institucionales, se identificaron dificultades en la promoción de la innovación, especialmente hacia las pequeñas y medianas empresas (Pymes); se muestra como resultado que una gran parte de las empresas no son innovadoras. Las políticas públicas son acciones gubernamentales que pueden enfrentar esta problemática, razón por la cual es importante identificar el papel que tienen las políticas del país para fortalecer la innovación en las Pymes. El objetivo de esta tesis fue establecer los desafíos de la política de innovación frente a las Pymes colombianas. Se desarrolló una investigación con enfoque cualitativo, de tipo descriptivo, en donde se revisaron documentos de fuentes nacionales e internacionales y se realizaron entrevistas semi-estructuradas a expertos del Sistema Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación de Colombia para profundizar en el tema. Como resultados, se obtuvieron algunas tendencias internacionales en la generación de política de innovación para las Pymes, la identificación de políticas y programas de Colombia relacionados con el tema de estudio entre los años 2009 a 2015, los aspectos que estas promueven o dificultan la innovación en las Pymes y por último los desafíos. Se concluyó que se han implementado esfuerzos de manera general, pero no hay un enfoque explícito hacía las Pymes y estas empresas tienen dificultad de acceder a los pocos instrumentos creados para beneficiarlas, razón por la cual las políticas deben enmarcarse en realizar drásticas acciones relacionadas con recursos, voluntad política y estrategia, para enfrentarse a superar la baja financiación, la escasa capacidad de desarrollo y la baja cultura de innovación en el país. ; Universidad Militar Nueva Granada ; From the review of institutional documents, were identified difficulties in innovation promotion, especially to small and medium enterprises (SMEs); which shows as a result that a large part of the companies are not innovative. Public policies are government actions that can face this problem, reason why it is important to identify the role that the country's policies to strengthen innovation in SMEs. The aim of this thesis was to establish the challenges of innovation policy against Colombian SMEs. An investigation was developed with qualitative approach, of descriptive type, where documents from national and international sources are reviewed and semi-structured interviews with experts from the National System of Science, Technology and Innovation of Colombia were made to deepen the subject. As results, were obtained some international trends in generating innovation policy for SMEs, identifying policies and programs of Colombia related to the subject of study between the years 2009 to 2015, the aspects that these promote or hinder innovation in SMEs and finally the challenges. It was concluded that efforts have been implemented generally, but there is no explicit approach to SMEs and these companies have difficulty in accessing the few instruments created to benefit them, reason why policies should be framed in making drastic actions related with resources, political will and strategy, to face overcome low funding, low capacity development and low culture of innovation in the country.