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Este artigo trata a complexidade da gestão dos resíduos serviços de saúde (RSS) gerados no atendimento a pacientes de Covid-19, pois, devido à alta capacidade de contaminação do vírus o mesmo é transferido para as máscaras, luvas e outros equipamentos durante o contato com pacientes. Os dados aqui levantados sobre a gestão dos RSS retratam as implicações durante a pandemia, pois os materiais devem ser separados e destinados corretamente, evitando a propagação do vírus. A metodologia adotada é um estudo de caso com análise quanti-qualitativa de dados de amostra que representa cerca de 70% dos hospitais federais pesquisados. O estudo demonstra que apesar dos hospitais analisados encaminharem os resíduos infectados para tratamento correto, ainda precisam se preparar melhor para situações como esta que alteraram o fluxo e o volume dos resíduos. Isto implica em traçarem planos de contingência alinhados com o poder público municipal e com sociedade em geral, garantindo maior segurança para todos.