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At the present time, one of the main life means is being altered; this is due mainly to humans, whose productive daily activities generate bacteria that alter physical and chemical water conditions. The present work´s aim was to ascertain the total coliforms and Escherichia coli concentration in the Chulluype estuary, in the province of Santa Elena. Five sample were randomly collected in different estuary points. The microorganism concentration levels were ascertained; results were then compared with the maximum permissible limits established in the Ministry of Environment´s annex 1 of Book VI of Secondary Legislation Unified Text (TULSMA according to Spanish initials). Maximum total coliform values of 4x107 NMP / mL were obtained; these exceeded permissible limits. Values of 2x102 CFU / mL were obtained in relation to E. coli and these did not exceed permissible limits. A phytoremediation was finally proposed in order to recover natural conditions. ; En la actualidad uno de los principales medios de vida está siendo alterado y se debe mayormente por el ser humano, el cual con sus actividades productivas diarias generan las bacterias, que alteran las condiciones físico-químicas del agua. El objetivo del presente trabajo fue determinar la concentración de Coliformes totales y Escherichia coli en el estuario de Chulluype, en la provincia de Santa Elena. Se realizó la recolección y transporte de cinco muestras colectadas aleatoriamente en diferentes puntos del estuario. Se determinó los niveles de concentración de microorganismos y los resultados se compararon con los límites máximos permisibles establecidos en el Anexo 1 Del libro VI del Texto Unificado de Legislación Secundaria del Ministerio del Ambiente (TULSMA). Se obtuvieron valores máximos de Coliformes totales de 4x107 NMP/mL, que sobrepasaron los límites permisibles. Con relación a E. coli se obtuvieron valores 2x102 UFC/mL y no superaron los límites permisibles. Finalmente se propuso una fitorremediación, para recuperar las condiciones naturales del lugar.