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A Bacia do Alto Paraguai (BAP) inclui a planície inundável do Pantanal e as áreas altas no entorno que drenam para o rio Paraguai, uma região de transição entre quatro grandes domínios fitofisionômicos da América do Sul – Cerrado, Chaco, Amazônia e Mata Atlântica. A fauna da região é pobre em endemismos, porém as posições central e transicional no continente conferem enorme riqueza de animais vertebrados, oriundos de diferentes domínios, especialmente quanto à ordem Chiroptera. Aqui, revisamos as espécies de morcegos registradas na BAP e apresentamos mapas de distribuição e breve descrição de cada espécie, incluindo dados de tamanho, forma, cor, ambientes, abrigos, hábito alimentar e interações com predadores e parasitas. Encontramos registro de 93 espécies em sete famílias – Emballonuridae (3), Noctilionidae (2), Mormoopidae (2), Phyllostomidae (51), Natalidae (1), Molossidae (20) e Vespertilionidae (14). Foram registradas 66 espécies na planície e 84 no entorno; com 59 espécies reportadas na planície e no entorno. Quase dois terços das espécies (63%) foram registrados em cinco ou mais localidades na BAP, e um quinto (19%) em apenas uma localidade. A fauna de morcegos da BAP destaca a grande importância dessa região para a manutenção da diversidade de morcegos na América do Sul.