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En este artículo se presenta evidencia empírica respecto a la existencia de una discriminación salarial contra la población indígena en Chile para el periodo 1996-2006, con datos provenientes de la encuesta Casen. Los resultados muestran que la discriminación salarial he permanecido relativamente estable durante los pasados diez años, en torno de 12%. Mediante la aplicación de técnicas de bootstrapping es posible construir un intervalo de confianza para la medida de discriminación salarial, lo que permite concluir que ésta es estadísticamente significativa. Por su parte, en dicho periodo la brecha salarial pasó de 32.5 a 24.9%, disminución que se explica básicamente por la equiparación en la dotación de capital humano de ambos grupos. Las estimaciones son sensibles a la corrección por sesgo de selección, hecho que releva le importancia que tiene incorporar esta variable en la descomposición de brechas salariales.