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Introduction: The coronavirus pandemic (COVID-19) caused by the new Severe Acute Respiratory Syndrome Virus (SARS-CoV-2), has raised concerns about laboratory capacity around the world, particularly in Africa.Objective: To identify the challenges faced by laboratories diagnosing SARS-CoV-2 in Burkina Faso.Material and methods: The literature search was based on the consultation of scientific articles available in Pubmed, Google scholar, documents of the Government Information Service, Ministry of Health and laboratories of Burkina Faso, with keywords: COVID-19, SARS-CoV-2, laboratory, diagnosis, Burkina Faso.Results: In Burkina Faso, faced with the growing demand for diagnostic tests, challenges such as limited supply of laboratory resources, continuity of power supply, sample storage and biomedical waste management have been identified. The number of laboratories is limited, and their location in large cities, leaving a dozen other regions aside, is also a challenge. The molecular diagnostic technique of real-time RT-PCR was initially used before the complementary use of GeneXpert technology for decentralized diagnosis.Conclusion: After reviewing the literature, uncertainty about the supply and continued availability of laboratory resources could be a significant handicap in the event of a resurgence of COVID-19. Efforts should be made through increased investment in equipment, diagnostic input supply and research in order to prepare for a possible recurrence of the disease ; Introduction : La pandémie à nouveau coronavirus (COVID-19) due au nouveau virus du syndrome respiratoire aiguë sévère de type 2 (SARS-CoV-2), a tiré la sonnette d'alarme sur les capacités des laboratoires de par le monde entier, et particulièrement en Afrique.Objectif: Identifier les défis rencontrés par les laboratoires de diagnostic du SARS-CoV-2 au Burkina Faso.Matériel et méthodes : Il s'est agi d'une recherche documentaire basée sur la consultation des articles scientifiques disponibles dans Pubmed, Google scholar, les documents du Service d'Information du Gouvernement, du Ministère de la santé et des laboratoires du Burkina Faso. Les mots clés utilisés étaient : COVID-19,SARS-CoV-2, laboratoire, diagnostic, Burkina Faso en français et en anglais. Résultats: Au Burkina Faso, face à la demande croissante en tests de diagnostic, des défis tels que l'approvisionnement limité en ressources de laboratoire, la continuité de l'alimentation électrique, le stockage des échantillons et la gestion des déchets biomédicaux ont été identifiés. Le nombre de laboratoires est limités, et leur localisation dans les grandes villes délaisse une dizaine d'autres régions. La technique de diagnostic moléculaire par RT-PCR en temps réel a été initialement utilisée avant la prise en compte du GeneXpert pour la décentralisation du diagnostic. Conclusion: L'incertitude sur l'approvisionnement et la disponibilité permanente des ressources des laboratoires pourrait constituer un handicap important en cas de recrudescence de COVID-19. Des efforts devraient être faits en investissant davantage dans l'équipement, l'approvisionnement en intrants de diagnostic et dans la recherche afin de parer aux éventuels cas de regain de la maladie.