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RESUMO Este estudo objetivou analisar encaminhamentos de pessoas a serviços de cardiologia e endocrinologia pelos médicos da Atenção Primária à Saúde (APS) de um município do Rio Grande do Sul. Estudo transversal com questionários a 25 médicos da APS, 2 cardiologistas, 2 endocrinologistas e 1 médico regulador. A análise estatística foi realizada no SPSS, sendo as variáveis contínuas apresentadas como média ou mediana; e as variáveis categóricas, como frequência absoluta e relativa. Entre os médicos da APS, 96% conhecem, 84% utilizam protocolos de encaminhamento e 92% encaminham os pacientes principalmente para manejo de doenças complicadas que necessitam de avaliação do especialista. Entre os especialistas, 50% conhecem os protocolos, e todos apontam que o principal motivo de encaminhamentos para eles ocorre devido a condições crônicas prevalentes mal controladas na APS, sendo considerados pelos endocrinologistas como mal indicados. O médico regulador avalia que a maioria dos documentos de encaminhamento é incompleta e não permite verificar a gravidade do problema. Conclui-se que os protocolos de encaminhamento não estão sendo utilizados de forma a otimizar os fluxos dos usuários na rede de atenção à saúde, indicando a necessidade de revisão de processos de trabalho, capacitação dos profissionais e articulação entre APS, regulação e Atenção Especializada.