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Introduction: The sylvatic cycle of rabies is a significant sanitary burden in Central America. The Costa Rican government monitors cases since 1985 and infections from bats are still reported for wild animals, livestock, and humans, generating a need of further pathogen characterization in the region. Objective: To compare rabies phylogenetic analyses from complete genomes with nucleoprotein gene studies. Methods: For the phylogenetic analyses we used four rabies tissue samples collected in 2018, and generated complete genomes by Next-Generation sequencing (NGS). We also extracted RNA from tissues of confirmed cases and generated ssDNA using several primers. Double-stranded DNA was generated and used to generate genomic libraries. Results: We describe, for the first-time, the complete genome of four sequences of the rabies virus isolated in Costa Rica in 2018. Complete genome trees resembled the topology of nucleoprotein gene trees. All isolates were related to Desmodus rotundus. One sample group into Lineage (L)2, and the remaining samples group in L1, matched previous reports from regional rabies viruses. Conclusion: Our method produces valid viral assemblies from clinical specimens without target enrichment or viral isolation. ; Introducción: En Centroamérica, el ciclo selvático de la rabia es una carga sanitaria importante. El gobierno de Costa Rica monitorea los casos desde 1985 y aún se reportan infecciones por murciélagos en animales silvestres, ganado y humanos, lo que genera la necesidad de una mayor caracterización de estos patógenos en la región. Objetivo: Comparar análisis filogenéticos de rabia de genomas completos con estudios de genes de nucleoproteínas. Métodos: Para los análisis filogenéticos, utilizamos cuatro muestras de tejido antirrábico recolectadas en 2018 y generamos genomas completos mediante secuenciación de próxima generación (NGS). También extrajimos ARN de tejidos de casos confirmados y generamos ADNss utilizando varios cebadores. Se generó ADN de doble hebra y se utilizó para ...

Schmallenberg virus affects ruminants, which causes significant economic losses. The virus is transmitted through vectors of the genus Culicoides; however, other studies do not rule out the possibility of sexual transmission due to its presence in semen. For this reason, the National Service of Animal Health of Costa Rica (SENASA) imposed restrictions on the import of semen from animals from the European Union in 2013. Consequently, SENASA conducted a study to determine the presence or absence of antibodies against this virus in bovine, ovine and caprine samples. As a result, no antibodies against this virus were detected in the 748 samples tested. It was concluded that Schmallenberg virus was not circulating in Costa Rican ruminants during the tested period. ; El virus de Schmallenberg afecta a rumiantes produciendo pérdidas económicas importantes, el cual se transmite a través de artrópodos del género Culicoides, sin embargo, no se descarta la posibilidad de transmisión sexual debido a la presencia del virus en semen, razón por la cual, el Servicio Nacional de Salud Animal de Costa Rica (SENASA), estableció restricciones a la importación de semen de rumiantes procedentes de la Unión Europea en el 2013. En consecuencia, el SENASA realizó un estudio para determinar la presencia o ausencia de anticuerpos contra este virus en muestras de bovinos, ovinos y caprinos. Como resultado de este estudio no se encontró la presencia anticuerpos contra el virus de Schmallenberg en ninguna de las 748 muestras evaluadas, por lo que se concluye que este virus no está circulando en los rumiantes de Costa Rica.