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O objetivo do artigo é analisar as diferenças entre as percepções dos obstáculos enfrentados à inovação em diferentes setores da indústria brasileira. Para alcançar esse objetivo foi utilizada uma técnica estatística multivariada, a Análise de Cluster. O banco de dados utilizado foi a pesquisa PINTEC 2009-2011 (IBGE 2013) e que utiliza como referência conceitual e metodológica o Manual de Oslo e a Community Innovation Survey (CIS), realizada pela EUROSTAT na Europa. Os resultados mostram a formação de seis clusters e os fatores que menos discriminaram foram os riscos econômicos, a rigidez organizacional e os elevados custos à inovação.