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The article Etablierung

Zusammenfassung
Das Next-Generation Sequencing (NGS) besitzt großes Potential im Bereich der Lebensmittelsicherheit und der Authentizitätsprüfung von Lebensmitteln. Die Gesamtgenomsequenzierung mikrobieller Genome kombiniert mit bioinformatischen Auswerteprogrammen ersetzt zunehmend die klassischen Typisierungsmethoden und gilt aufgrund ihres außerordentlichen Auflösungsvermögen mittlerweile als Methode der Wahl im Rahmen von Ausbruchsuntersuchungen. Zur Authentizitätskontrolle z. B. von Fleisch- und Fischproben finden NGS-Methoden als Metabarcoding immer häufiger Anwendung, um Täuschung und Irreführung bis hin zu Lebensmittelbetrug aufzudecken. Einige Untersuchungsbehörden verfügen bereits über die NGS-Technologie und setzen diese auch erfolgreich ein, weitere Einrichtungen werden folgen. Um den mit der Lebensmittelüberwachung betrauten Behörden validierte, leistungsfähige und standardisierte NGS-Methoden zur Verfügung zu stellen, ist eine Aufnahme dieser Methoden in die "Amtliche Sammlung von Verfahren zur Probenahme und Untersuchung von Lebensmitteln" (ASU) durch die Gründung zweier neuer § 64 LFGB Arbeitsgruppen mit unterschiedlichen thematischen Schwerpunkten vorgesehen. Die Arbeitsgruppe "NGS – Bakteriencharakterisierung" bearbeitet NGS-Verfahren für die Sequenzierung bakterieller Erreger im Rahmen von Ausbruchsuntersuchungen. Die Arbeitsgruppe "NGS – Speziesidentifizierung" beschäftigt sich mit NGS-Methoden zur Tierartendifferenzierung in Lebensmitteln. Am 6. März 2019 fand das erste Treffen der Arbeitsgruppe "NGS – Speziesidentifizierung" und am folgenden Tag, dem 7. März 2019 das der Arbeitsgruppe "NGS – Bakteriencharakterisierung" auf Einladung des Bundesamts für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (BVL) in Berlin statt. Auf den Sitzungen wurden durch die Mitglieder der Gruppen NGS-Methoden zur Bakteriencharakterisierung bzw. zur Tierartendifferenzierung in Lebensmitteln vorgestellt. Anschließend diskutierten die Mitglieder die ersten thematischen Schwerpunkte der Methodenentwicklung, Validierungskonzepte, Qualitätskontrollmaßnahmen und den Einsatz dieser Methoden in der Lebensmittelüberwachung. Es wurde beschlossen, durch laborübergreifende Vorringversuche die Vergleichbarkeit der verschiedenen NGS-Technologien zu ermitteln sowie die entsprechenden Auswerteparameter, Qualitätskriterien und Validierungsparameter für eine laborübergreifende Validierungsstudie zu erarbeiten.

Salmonella enterica subsp. enterica 4,[5],12:i:− is one of the most prevalent serovars associated with human infections worldwide. Two multidrug-resistant clones, designated Spanish and European clones, are recognized as having importance for public health and are subject to control measures in the European Union. In this study, 23 clinical isolates belonging to the Spanish clone were characterized by multilocus sequence typing, multiple-locus variable number tandem repeat analysis (MLVA), PCR amplification and sequencing, and a DNA microarray targeting 263 genes, in order to provide new insights into their origins and further evolution. The derived data were compared with information available from other studies for S. 4,[5],12:i:− isolates of both the Spanish and the European clones, to identify differential molecular markers which could be potentially used as surveillance tools in the control of dissemination of this serovar. The isolates analyzed were assigned to sequence type 19 and to 17 MLVA patterns, with 3-13-16-NA-311 being the most prevalent. Highly similar virulence, metabolic, and prophage-associated gene profiles were identified, but DNA mobility markers distinguished five genotypes. Two types of deletions, caused by insertion of IS26, presumably donated by pUO-STmR/RV1-like plasmids typically found in the Spanish clone, affected the fljAB operon and surrounding DNA. The Spanish and European clones differ in sequence type, MLVA patterns, gene repertoire, and fljAB deletion type. The observed variability supports an independent evolution of the two successful monophasic clones from different Salmonella enterica serovar Typhimurium ancestors and can be taken into consideration for epidemiological surveillance.