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L'identification par analyse ADN en justice pénale jouit d'une réputation de solidité que rien ne semble pouvoir démentir. En explorant les boîtes noires des pratiques d'expertise, tellement opaques pour les acteurs judiciaires, notre recherche révèle pourtant, conformément à une littérature critique anglo-saxonne, l'existence d'incertitudes scientifiques parfois déterminantes sur les choix législatifs ou pratiques. Dépassant le rôle de simple lanceur d'alerte, cette contribution s'attache à déceler les mécanismes sociaux qui tantôt autorisent ou non la résolution des controverses sur le plan scientifique et la levée des incertitudes, tantôt maintiennent ces incertitudes hors de la perception des acteurs judiciaires et politiques, de sorte qu'elles restent discrètes, voire totalement masquées.