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Os objetivos deste estudo foram analisar a diversidade e a estrutura genética de populações de Mauritia flexuosa L. f. nos biomas Cerrado (Chapada dos Guimarães – XAP) e Pantanal (Mimoso – MIM), bem como avaliar possíveis conexões entre as populações destas áreas. Amostras de DNA foram extraídas de 24 indivíduos de XAP e de 23 de MIM para as análises de diversidade genética e de estrutura populacional. O resultado obtido pelo software Structure aponta a formação de dois grupos principais, revelando o compartilhamento de informações genéticas em algum momento do passado e as consequentes inserções de indivíduos da população XAP no grupo MIM, conforme descrito pelas análises UPGMA e PCoA. Essa troca de informação genética entre as áreas pode ter sido oriunda de transporte de frutos e de sementes por animais silvestres ou por populações locais, com uma posterior quebra desta conexão, seguida de um processo de endogamia dentro das populações, o qual foi mais intenso na população de MIM, que consiste em um único grande grupo. Processo contrário ocorre com a população da Chapada dos Guimarães, que, em toda a extensão do parque e entorno, apresenta pequenas populações de M. flexuosa, possibilitando a troca de informação entre os indivíduos.