Bammds: a tool for assessing the ancestry of low-depth whole-genome data using multidimensional scaling (MDS)
SUMMARY: We present bammds, a practical tool that allows visualization of samples sequenced by second-generation sequencing when compared with a reference panel of individuals (usually genotypes) using a multidimensional scaling algorithm. Our tool is aimed at determining the ancestry of unknown samples-typical of ancient DNA data-particularly when only low amounts of data are available for those samples. ; Fil: Malaspinas, Anna Sapfo. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: Tange, Ole. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: Moreno Mayar, José Víctor. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: Rasmussen, Morten. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: DeGiorgio, Michael. Pennsylvania State University; Estados Unidos ; Fil: Wang, Yong. University of California; Estados Unidos ; Fil: Valdiosera, Cristina E. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: Politis, Gustavo Gabriel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Tandil. Investigaciones Arqueológicas y Paleontológicas del Cuaternario Pampeano. Universidad Nacional del Centro de la Provincia de Buenos Aires. Investigaciones Arqueológicas y Paleontológicas del Cuaternario Pampeano; Argentina ; Fil: Willerslev, Eske. Universidad de Copenhagen; Dinamarca ; Fil: Nielsen, Rasmus. Universidad de Copenhagen; Dinamarca