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Untersuchungen über Ausmaß und Wirkungen von Reformen im deutschen Forschungssystem sind meistens auf der Makroebene oder der Mesoebene angesiedelt. Betrachtungsgegenstand sind Universitäten und außeruniversitäre Forschungseinrichtungen. In diesem Beitrag werden die Auswirkungen der Reformen auf den Forschungsprozess der Mikroebene, d.h. einzelner Forschungsgruppen, untersucht. Auf der Basis einer Studie in der Astrophysik, der Nanotechnologie und der Mikroökonomie ergeben sich zwei grundlegende Befunde. Erstens wird die Notwendigkeit einer weitgehenderen disziplinenspezifischen Differenzierung bei der Ausgestaltung der Reformmaßnahmen unterstrichen. Zweitens zeigt sich, dass Reformen zwar häufig auf der Makroebene eingeführt wurden, den Forschungsprozess auf der Mikroebene jedoch bisher nur partiell beeinflussen. Insbesondere auf der intraorganisationalen Ebene sind kaum Entwicklungen hin zur Ablösung des Modells der akademischen Selbstverwaltung zu verzeichnen, während der verschärfte Wettbewerb um externe Drittmittel Einfluss auf die Definition von Forschungslinien nehmen kann. Die Reformen werden oft als unausgewogen Jagenommen und manifestieren sich für die einzelnen Forscher in Form zunehmender Ressourcenknappheit, verschärftem Wettbewerb um Fördermittel und hohem administrativen Aufwand. Die vorherrschenden Koordinationsformen in der Forschung sind nach wie vor die akademische Selbstverwaltung sowie die eher informellen Governancemechanismen der intellektuellen Koordination durch Netzwerke und die Scientific Community. Forschungsgebiete und Kooperationen werden meistens aufgrund individueller Interessen gewählt und entstehen pfadabhängig. Allerdings lassen sich die Reformwirkungen und deren Effekte auf die Forschung erst langfristig abschätzen, da Latenzeffekte zu erwarten sind.